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La Malaisie péninsulaire a connu un peuplement très ancien et des civilisations matériellement développées dès les premiers siècles de notre ère. Peu à peu se sont formés deux types d'États: des royaumes intérieurs, fondés sur le contrôle de la terre et le développement de l'agriculture, et des cités-États marchandes le long des côtes, surtout tout le long du détroit entre le continent et l'île de Java.
La formation des États malais
C'est ainsi qu'au début du XVe siècle, apparaît le premier État malais vraiment autonome, formé par un prince de Palembang, Parames Wara, qui fonde Malacca en 1402. Le port prend un essor rapide et devient le principal entrepôt des épices d'Indonésie, le lieu de rencontre des navires et des marchands chinois, thaïs, indiens, arabes, javanais. En 1420, l'islam gagne le pays, où l'introduisent des marchands indiens du Gujerat. De Malacca il progresse rapidement vers l'est.
La période coloniale
L'arrivée des Portugais inaugure une ère nouvelle. En 1511, Malacca est prise et pillée après l'assaut victorieux d'Albuquerque. Désormais, le commerce musulman s'installe de l'autre côté du détroit et enrichit de nouveaux royaumes, qui se jalousent trop pour concourir utilement à la libération de Malacca. Les Portugais s'y maintiennent jusqu'en 1641 mais cèdent alors devant les Néerlandais, qui y établissent une contrainte commerciale plus forte que leurs prédécesseurs. C'est l'époque où la Malaisie n'est pas seulement un point stratégique de premier ordre sur une grande route de commerce, mais présente aussi un gros intérêt par ses ressources propres. La population, essentiellement malaise et chinoise, s'accroît rapidement et se groupe sur les côtes, l'intérieur étant à peu près vide.
Quand les Provinces-Unies tombent sous la tutelle de la France (1795), la domination britannique s'installe sur la Malaisie. Trente ans plus tard, en 1824, les Néerlandais, par le traité de Londres, abandonnent aux Britanniques Malacca et tous leurs droits sur la péninsule et sur Singapour. À partir de 1830, les Britanniques organisent leur implantation: d'abord, par la création des établissements des détroits (Penang, Malacca, Singapour), dont Singapour devient la capitale en 1837; puis, en 1874, l'État malais de Perak passe sous protectorat britannique et, en 1896, sont groupés en une fédération les quatre États de Perak, Selangor, Negri Sembilan et Pahang. Enfin, avant 1914 la puissance britannique s'étend sur les États non fédérés: les cinq sultanats de Kelantan, Trengganu, Kedah, Perlis, Johore, et jusqu'au nord de Bornéo avec Sarawak et le sultanat de Brunei. Ainsi, entre 1786 et 1914, par un grignotage qui dura 120 ans, les Britanniques donnèrent-ils forme à la Malaisie actuelle.
Le temps des troubles et la stabilisation
L'occupation japonaise a marqué le début d'une période de violences, qui se prolongea au-delà de la fin de la Seconde Guerre mondiale. Conquise en 1941, la Malaisie est libérée en 1945; la souveraineté britannique est rétablie. Mais très vite une guérilla inspirée par le parti communiste, particulièrement fort dans la population chinoise, obligea le gouvernement britannique à mener une politique de répression – recourant à une politique de regroupement des paysans chinois, afin de les mieux surveiller – associée à des concessions. Celles-ci aboutirent à l'indépendance de 11 États groupés dans la fédération malaise en 1957. Il fallut attendre 1960 pour pouvoir lever un état d'urgence qui durait depuis 12 ans. En 1963, une «Grande Malaisie» fut formée en ajoutant aux États péninsulaires Sabah, Sarawak et Singapour. Mais cette dernière mit très vite fin à l'expérience et devint une république indépendante (1965).
En 1994, Tuanku Jaafar est intronisé dixième roi de la Fédération. Trois ans plus tard, Anwar Ibrahim, vice-Premier ministre et ministre des Finances, devient chef du gouvernement, mais soupçonné de corruption, il est arrêté et accusé d'atteinte à la sécurité de l'État en 1998. Outre les nombreuses manifestations réprimées par la police, le procès qui suit a pour effet, au sein du gouvernement, d'accroître les tensions entre les modernistes, qui soutiennent Anwar Ibrahim, et les partisans de son successeur, Datuk Seri Dr. Mahathir Mohamad, dont les méthodes autoritaires sont de plus en plus contestées. C'est donc dans un climat social et politique instable que le Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah Alhaj Ibni Almarhum Sultan Hishamuddin Alam Shah Alhaj accède au trône en 1999. Après le décès de ce dernier, en 2001, c'est le sultan Mizan Zainal Abidin de Terengganu qui lui succède.
